Ingeniería de Enzimas
Dra. Rocío Espada
JEFA DE GRUPO / Group LEADER
Jefa de Trabajos Prácticos FCEN/UBA
Contact: r.espada@df.uba.ar
Las enzimas son pequeñas moléculas presentes en la naturaleza, responsables de llevar a cabo procesos tan diversos como la digestión en nuestro cuerpo o la degradación de contaminantes en el medio ambiente. La ingeniería de enzimas busca modificar las versiones naturales de estas moléculas para hacerlas más eficientes, y adaptarlas a usos en medicina, industria y otras aplicaciones tecnológicas.
Si bien somos capaces de producir nuevas enzimas, decidir qué modificaciones realizar sigue siendo un desafío complejo y costoso. En nuestro laboratorio, desarrollamos herramientas experimentales de alto rendimiento y estrategias de análisis de datos que nos permiten explorar de manera inteligente la diversidad de enzimas.
Nuestras enzimas favoritas son las PETasas, que degradan plásticos como el PET, y las nickasas, que cortan ADN con precisión, abriendo la puerta a innovaciones en biotecnología.
Proyecto
Functional analysis of single enzymes using programmable molecular circuits — Nature Nanotechnology. Gines G., Espada R., Dramé-Maigné A., Baccouche A., Larrouy N., Rondelez Y., 2024. https://doi.org/10.1038/s41565-024-01617-1
In vitro enzyme self-selection using molecular programs — ACS Synthetic Biology. Dramé-Maigné A., Espada R., McCallum G., Sieskind R., Guines G., Rondelez Y. 2024, 13, 2, 474–484. https://doi.org/10.1021/acssynbio.3c00385.
Accurate gene consensus at low nanopore coverage — GigaScience Espada, R., Zarevski N., Dramé-Maigné A., Rondelez Y., 2022, 11 https://doi.org/10.1093/gigascience/giac102
Size and structure of the sequence space of repeat proteins. — Plos Computational Biology Marchi, J., Galpern, E.A., Espada, R., Ferreiro, D.U., Walczak, A.M. and Mora, T., 2019, 15(8), pp.e1007282-e1007282. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1007282
Interplay between sequence, structure and linear motifs in the adenovirus E1A hub protein. — Virology Glavina, J., Román, E.A., Espada, R., de Prat-Gay, G., Chemes, L.B. and Sánchez, I.E., 2018, 525, pp.117-131 https://doi.org/10.1016/j.virol.2018.08.012
Inferring repeat protein energetics from evolutionary information — Plos Computational Biology Espada R., Parra R.G., Mora T., Walczak A.M., and Ferreiro D.U. 2017, 13(6), e1005584. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005584
Detailing protein landscapes under pressure — Biophysical journal Espada R., Sánchez I.E., Ferreiro D.U. , 2016, 111(11), p.2339. https://doi.org/10.1016/j.bpj.2016.10.038
Protein repeats from first principles — Scientific reports Turjanski P., Parra R.G., Espada R., Becher V. and Ferreiro D.U., 2016, 6, p.23959. https://doi.org/10.1038/srep23959
Structural and energetic characterization of the ankyrin repeat protein family. — Plos Computational Biology Parra R.G., Espada R., Verstraete N. and Ferreiro D.U., 2015, 11(12), p.e1004659. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004659
Repeat proteins challenge the concept of structural domains — Biochemical Society Transactions Espada R., Parra R.G., Sippl M.J., Mora T., Walczak A.M., Ferreiro D.U., 2015, 43, no 5: 844-849. https://doi.org/10.1042/BST20150083
Capturing coevolutionary signals in repeat proteins — BMC Bioinformatics Espada R., Parra R.G., Mora T., Walczak A.M., Ferreiro D.U., 2015, 16, no. 1.: 207. https://doi.org/10.1186/s12859-015-0648-3
Detecting repetitions and periodicities in proteins by tiling the structural space — The Journal of Physical Chemistry B Parra R.G., Espada R., Sánchez I.E., Sippl M.J., Ferreiro D.U., 2013, 117, no. 42: 12887-12897. https://doi.org/10.1021/jp402105j
Custom-made modification of a commercial confocal microscope to photolyze caged compounds using the conventional illumination module and its application to the observation of Inositol 1, 4, 5-trisphosphate-mediated calcium signals. — Journal of biomedical optics Sigaut L., Barella M., Espada R., Ponce M.L. and Dawson S.P., 2011, 16(6), p.066013. https://doi.org/10.1117/1.3592497
TBC
2019 – 2021 Marie Sklodowska Curie Fellowship
No news, good news.
